Atlantis est un thème introduit en 2010 et discontinué l'année suivante et un des premiers thèmes maison de LEGO à avoir disposé d'une véritable histoire de fond, avec un contexte expliqué sur le mini site Atlantis et dans un film spécial. Il suit les aventures de six plongeurs, le Professeur Sam Rhodes et l'équipage du Neptune, dirigé par le Capitaine Ace Speedman et son second Lance Spears et composée du biologiste Dr. Jeff Fisher, de l'expert technique Axel Storm et de l'apprenti Bobby Buoy. La première année est consacrée à la recherche d'Atlantis et la deuxième à ses trésors, où les plongeurs se voient épaulés par un expert en forage, le Dr. Brains, un membre des Power Miners. Ils doivent affronter des créatures marines, certaines humanoïdes et d'autres géantes. Le thème est lié au thème marin précédent Aqua Raiders par le film LEGO Atlantis et aux thèmes Alien Conquest, Pharaoh's Quest et Dino par une bande dessinée parue dans le magazine du LEGO Club. Il est également cité dans le film La Grande Aventure LEGO en 2014.
L'équipe des plongeurs d'élite a une mission : retrouver la cité disparue d'Atlantis. Elle part à la recherche des cinq mystérieuses clés, sans savoir quels dangers l'attendent. En effet, chaque clé est protégée par un redoutable gardien.
Après avoir franchi les portes d'Atlantis, l'équipe de plongeurs d'élite s'enfonce dans les profondeurs de l'océan à la recherche de la cité engloutie et de ses trésors. Mais de nouveaux gardiens tout aussi féroces vont tout faire pour les arrêter.